按服務對象，快遞一般為個人，物流一般為企業。由于兩類企業的業務都涉及運輸業務，人們還是習慣將上述兩類企業統稱為物流企業。有的物流企業，故意混淆收入類別，將交通運輸業務申報為物流輔助服務業務，少繳納增值稅，造成企業的稅負明顯偏低，甚至長期留抵稅款。但有的物流企業利用客戶多是零星貨物運輸，金額不大，不會較真的心理，或是利用客戶對稅法不了解，以為零星貨物運輸就是物流輔助服務，未按規定開具發票，將運輸服務項目開具為物流輔助服務項目，造成虛開發票風險。有的物流企業未分別核算不同業務營業額，而是將收取的包括快遞費、運費在內全部或大部分，作為收派服務申報納稅。
物流企業與快遞企業有著本質區別。按接收貨物重量，一般30公斤以上發物流；按服務對象，快遞一般為個人，物流一般為企業；按末端派送模式，快遞一般可以送貨到家，物流一般不送貨上門；按倉儲不同，快遞注重及時性，隨到隨走，物流倉儲則根據需求而定。
由于兩類企業的業務都涉及運輸業務（快遞同城除外），人們還是習慣將上述兩類企業統稱為物流企業。營改增后，運輸業務與收派業務適用不同稅率，這就使物流企業產生了以下5個方面的涉稅風險點，需引起注意。
一是混淆收入類別
《營業稅改征增值稅試點實施辦法》（財稅〔2016〕36號附件1）規定，一般納稅人從事交通服務應按11%的稅率納稅，從事物流輔助服務按6%的稅率納稅。同時，該文件規定：“交通運輸服務，是指利用運輸工具將貨物或者旅客送達目的地，使其空間位置得到轉移的業務活動，包括陸路運輸服務、水路運輸服務、航空運輸服務和管道運輸服務。物流輔助服務包括航空服務、港口碼頭服務、貨運客運場站服務、打撈救助服務、裝卸搬運服務、倉儲服務和收派服務”。有的物流企業，故意混淆收入類別，將交通運輸業務申報為物流輔助服務業務，少繳納增值稅，造成企業的稅負明顯偏低，甚至長期留抵稅款。
二是發票開具錯誤
《發票管理辦法》第二十二條規定，開具發票應當按照規定的時限、順序和欄目，全部聯次一次性如實開具，并加蓋發票專用章?！秶叶悇湛偩株P于修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發〔2006〕156號）第十一條規定，專用發票開具應項目齊全，與實際交易相符。但有的物流企業利用客戶多是零星貨物運輸，金額不大，不會較真的心理，或是利用客戶對稅法不了解，以為零星貨物運輸就是物流輔助服務，未按規定開具發票，將“運輸服務”項目開具為“物流輔助服務”項目，造成虛開發票風險。
三是收入核算不準確
《營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》（財稅〔2016〕36號附件2）規定，一般納稅人的收派服務可以選擇適用簡易計稅方法計稅。因此，物流企業需要將簡易計稅項目與一般計稅項目分開核算，分別核算適用不同稅率或者征收率的銷售額；未分別核算的，從高適用稅率。但是，有的物流企業未分別核算不同業務營業額，而是將收取的包括快遞費、運費在內全部或大部分，作為收派服務申報納稅。
四是隱瞞銷售服務
一般而言，快遞費由收件費、運輸費和送件費等組成，快遞費則是一次性收取，需要快遞總公司與加盟商結算收派費用。由于加盟商納稅人的身份問題，一般納稅人采用簡易計稅辦法計稅，導致部分快遞企業難以獲得增值稅專用發票抵扣或者獲得的增值稅專用發票抵扣不足，于是，一些納稅人干脆采取隱瞞銷售服務，與加盟商結算時實行賬外結算。
五是進項稅額核算不完善
物流企業既有簡易計稅方法業務，又有一般計稅方法業務?！稜I業稅改征增值稅試點實施辦法》（財稅〔2016〕36號附件1）第二十七條規定，用于簡易計稅方法計稅項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。但是，有的物流企業未將進項稅額合理劃分，存在多抵扣進項稅額的風險。
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