為使不服德國專利商標局行政決定的當事人真正享有德國憲法規定的司法救濟權利，德國于1962年在慕尼黑成立了德國聯邦專利法院，專門管轄不服德國專利商標局行政決定的知識產權案件。德國聯邦專利法院設有29個審判庭，其中有9個審判庭負責審理對德國專利商標局駁回商標注冊申請決定、異議裁定等不服的商標案件。德國聯邦專利法院的法官也可以到德國專利商標局擔任高級審查官。德國聯邦專利法院審理不服德國專利商標局決定的案件遵循民事訴訟原則。根據德國聯邦專利法院院長指派的資深法官維娜女士所介紹的德國商標行政確權與司法審查的實踐情況看，絕大多數的德國商標確權案件通常只需行政一審、司法一審，即可結束。
二戰結束以后，德國憲法進行了修改，明確規定所有公共政府部門的決定均應受司法監督與公眾審查，受行政決定影響的當事人有權獲得司法救濟。
原先，對德國專利商標局所做駁回商標注冊申請等決定不服的當事人，只能向德國專利商標局內部的上訴委員會提出復審申請，由該委員會審理并做出終局決定。為使不服德國專利商標局行政決定的當事人真正享有德國憲法規定的司法救濟權利，德國于1962年在慕尼黑成立了德國聯邦專利法院，專門管轄不服德國專利商標局行政決定的知識產權案件（專利、商標侵權民事案件則仍由德國境內有管轄權的地方法院審理）。
德國聯邦專利法院設有29個審判庭（或稱“委員會”），其中有9個審判庭負責審理對德國專利商標局駁回商標注冊申請決定、異議裁定等不服的商標案件。
由于知識產權案件具有很強的專業技術性和程序性，在德國法院系統中只有聯邦專利法院才有由某一技術領域技術專家擔任法官的現象。所有具有技術背景的法官都是從德國專利商標局的高級審查官中考錄，而且大多數具有法律背景的法官也來自該局。反之，德國聯邦專利法院的法官也可以到德國專利商標局擔任高級審查官。
截止到2003年底，聯邦專利法院共有60位技術法官和64位法律法官。兩類法官地位相同，在案件審理過程中平等地行使權力。
德國聯邦專利法院與德國專利商標局在同一座公務大樓內辦公，無論是人員來源還是地理位置，兩機構均存在著密切的聯系。專利法官與高級審查官之間可以相互交換意見、探討問題，但他們均獨立地做出司法判決或行政決定，不受任何干擾。專利法官在德國專利商標局的工作經歷絲毫不會影響到其審理案件的公正性。
由于兩機構人員頻繁地雙向交流，使得專利法官與高級審查官對商標審查標準的認識與把握日益趨同，進而在商標行政執法與司法審查的實踐中增強了執法尺度的統一性，當事人也會從類似的行政決定與司法判例中對爭議商標案件處理結果有大致的推測，進而決定采取何種救濟措施以及是否窮盡所有的救濟渠道。
德國聯邦專利法院審理不服德國專利商標局決定的案件遵循民事訴訟原則。法官對上訴案件的審理，既審查事實的認定情況又審查法律的適用情況。商標案件通常需要13個月左右的時間審結。
德國專利商標局一般不參與不服其決定的案件的訴訟。但如果涉及公共利益或者重要的法律問題，德國聯邦專利法院會邀請德國專利商標局局長參加，不過這種情況很少。德國專利商標局局長可指定專人或提交書面陳述或參與庭審。通常由專利商標局商標部質量監督處（即法律處）負責人決定是否參與庭審。如決定出庭，則由質量監督處高級審查官或會同商標審查處高級審查官一起作為第三人參與庭審，闡述德國專利商標局依職權做出決定的理由。
德國聯邦專利法院通常直接做出是否準予商標注冊的判決。只是在德國專利商標局所做決定存在非常明顯錯誤的情況下，為提請其注意，避免以后類似情形再度發生才發回重審。
德國聯邦最高司法機關共有6類，為聯邦最高法院、最高行政法院等，其中聯邦最高法院主管民事和刑事案件的審理。聯邦最高法院是不服聯邦專利法院判決的上訴案件的終審法院，最高行政法院不是上述案件的終審法院（德國對商標行政行為審查未納入行政法院的管轄范圍，未作為行政案件審理）。聯邦最高法院同時也是德國商標侵權案件的終審法院。所有商標案件的終審權能都歸于德國聯邦最高法院，從體制上保證了執法尺度的統一。
當事人能否向聯邦最高法院提起上訴，聯邦專利法院具有審查決定權。如果認為該案涉及重大法律問題，可批準當事人向聯邦最高法院上訴。能夠上訴到聯邦最高法院的案件極少，在絕大多數情況下聯邦專利法院做出的判決即為終審判決。
根據德國聯邦專利法院院長指派的資深法官維娜女士所介紹的德國商標行政確權與司法審查的實踐情況看，絕大多數的德國商標確權案件通常只需行政一審、司法一審，即可結束。減少了程序，縮短了審理周期，盡早地確定了爭議商標的權利狀況，維護了當事人的合法權益，較好地處理了效率與公正的關系。
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