在輔導期內，商貿的企業取得專用發票的抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書、廢舊物資發票以及貨物運輸發票需要在交叉稽核比對無誤的情況下后，方可予以抵扣，未收到主管稅務機關稽核比對的結果通知書及其明細清單的不準許抵扣。在應交稅金科目下增設待抵扣進項稅額明細科目，核算己通過認證但暫時無法抵扣的專用發票抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書、廢舊物資普通發票以及貨物運輸發票的進項稅額。輔導期結束后第一個月，將應交稅金——待抵扣進項稅額可允許抵扣的部分轉入應交稅金——應交增值稅(進項稅額)，并將數據填入增值稅申報表附表二申報抵扣的進項稅額相關欄次，與本月取得的進項稅一并申報抵扣。
1、每一個一般納稅人都有得經歷6個月的輔導期，到期后納稅人主動向有關主管稅務機關提交轉為正式一般納稅人的申請。于輔導期最后一個月完成申報后并向大廳綜合受理窗口提出申請。
2、專用發票的領購數量。一般納稅人輔導期內每次的增值稅防偽稅控專用發票的領購量最多不得超過25份，發票不夠增加數量的則應先依據上一回領購并開具正數專用的發票上注明的銷售額按4%征收率計算 ，然后向主管稅務機關預繳稅款。此預繳稅款在次月申報時一定要填寫在申報表主表的28欄“分次預繳稅款”中，否則當月和以后月份的，將無法使用此預繳來抵繳稅款。
3、專用發票填開的限額。輔導期內一般納稅人每張專用發票最高開票限額的原則上不得超過一萬元。
4、進項稅額的抵扣。在輔導期內，商貿的企業取得專用發票的抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書、廢舊物資發票以及貨物運輸發票需要在交叉稽核比對無誤的情況下后，方可予以抵扣，未收到主管稅務機關稽核比對的結果通知書及其明細清單的不準許抵扣。
5、 待抵扣進項稅額的會計核算方法。在“應交稅金”科目下增設“待抵扣進項稅額”明細科目，核算己通過認證但暫時無法抵扣的專用發票抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書、廢舊物資普通發票以及貨物運輸發票的進項稅額。取得上述扣稅憑證時，借記“應交稅金——待抵扣進項稅額”明細科目，貸記相關科目;交叉稽核比對無誤允許抵扣后，借記“應交稅金——應交增值稅(進項稅額)”專欄，貸記“應交稅金——待抵扣進項稅額”科目。經核實不可以抵扣的進項稅額，紅字借記“應交稅金——待抵扣進項稅額”，紅字貸記相關科目。取得需抵扣的鐵路運輸發票、航空運輸發票、海洋運輸發票和管道運輸發票直接記入“應交稅金——應交增值稅(進項稅額)”。
6、 輔導期結束后第一個月，將“應交稅金——待抵扣進項稅額”可允許抵扣的部分(包括比對相符、核查準予抵扣、核查暫無結果)轉入“應交稅金——應交增值稅(進項稅額)”，并將數據填入增值稅申報表附表二“申報抵扣的進項稅額”相關欄次，與本月取得的進項稅一并申報抵扣。
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