對已設立的鼓勵類和限制乙類外商投資企業、外商投資研究開發中心、先進技術型和產品出口型外商投資企業，利用投資總額以外的自有資金，在院批準的生產經營范圍內進口國內不能生產或性能不能滿足需要的設備及其配套的技術、配件、備件的，免征關稅和進口環節增值稅。對園區內的企業利用外國政府貸款及國際金融組織貸款進口的自用設備，除《外商投資項目不予免稅的進口商品目錄》所列商品外，免征關稅和進口環節增值稅。園區內中資企業可享受浦東新區自用進口物資稅收憲征后返優惠政策。海關對園區內規模大、資信好的科研機構和高科技企業進口貨物開設綠色通道，優先安排通關事宜。
一、 進出口稅收優惠政策
1. 在園區內經批準成立的市屬科研開發機構所進口的如科學研究、科學實驗用的分析、測量、檢查、計量等所需的儀器、儀表及附件為科研提供必要的實驗室設備(不包括中試設備)，計算機工作站，化學、生化和醫療實驗用材料，科學實驗用的醫療儀器及其附件等均可免征關稅和進口環節增值稅。
2. 對園區內符合國家產業政策的外商投資和國內投資項目進口的生產設備(包括中試設備)、儀器儀表，環保裝置、技術資料以及隨設備進口技術及數量合理的配套件、備件等，除國家規定不予免稅的商品外，免征關稅和進口環節增值稅。
在2000年年底之前，園區內的企業經國家有關部門批準成立的技術中心還可享受科研機構的各項關稅優惠政策。
3. 對已設立的鼓勵類和限制乙類外商投資企業、外商投資研究開發中心、先進技術型和產品出口型外商投資企業(簡稱五類企業)，利用投資總額以外的自有資金，在院批準的生產經營范圍內進口國內不能生產或性能不能滿足需要的設備及其配套的技術、配件、備件的，免征關稅和進口環節增值稅。
4. 對外商投資設立的研究開發中心，在投資總額內進口國內不能生產和性能不能滿足的自用設備及其配套的技術、配件、備件的，免征關稅和進口環節增值稅。
5. 對園區內的企業利用外國政府貸款及國際金融組織貸款進口的自用設備，除《外商投資項目不予免稅的進口商品目錄》所列商品外，免征關稅和進口環節增值稅。
6. 園區內中資企業可享受浦東新區自用進口物資稅收憲征后返優惠政策。
7. 區內高科技企業、研究機構如可同時使用幾項優惠政策，海關以最優惠政策執行。
二、海關配套優惠措施
8. 海關對園區內規模大、資信好的科研機構和高科技企業進口貨物開設“綠色通道”，優先安排通關事宜。對科研、生產急需的特殊貨物，視情憑保函放行，進口后再辦理銷保手續。
9. 海關優先安排與園區內科研機構、高科技企業實行計算機聯網，實行EDI保管。
10. 海關優先安排園區內科研機構、高科技企業的A類企業評審事宜。對認定的A類企業海關給余其進口貨物“先放行、后征稅”;加工貿易進口料件不實行保證金“實轉”或銀行保證金臺帳;特殊情況憑保證函放行一系列優惠措施。
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