憑證錄入是使用會計軟件做賬時最主要的工作。憑證錄入需使用兩方面的知識、經驗和技巧，一是會計方面，二是軟件和計算機的應用，兩方面缺一不可。如企業只有一名會計，則會計應自行審核。在手工賬中，會計錄入記賬憑證后，還需要跟進記賬憑證逐筆登記明細賬和總賬，這個過程叫做過賬。在電腦賬中，會計錄入記賬憑證后，系統及自動過賬，當期的明細賬、總賬就有了，無需特別操作。現金流量表較復雜，如果要使用會計軟件輸出現金流量表，則需在日常憑證錄入中錄入現金流量表信息。未設出納員的企業，會計應根據企業銀行賬目數量及自身工作情況，自主安排核對銀行賬，建議每月對賬一次，最低限度要求每年對賬一次。
一、建賬、賬套數據初始化
新設企業建賬，一般無需錄入初始數據
建賬及賬套數據初始化流程：
、研究熟悉企業所處行業并了解會計核算要求。
、選擇并購買會計軟件。
、建立賬套、確定賬套基礎信息。
、建立、修改會計科目，添加輔助核算項目。
、錄入賬套初始數據，含期初余額及本年發生額。
、對初始數據進行審核、試算平衡。
、結束初始化，進入日常記賬狀態。
二、憑證錄入、憑證審核
、憑證錄入
憑證錄入是使用會計軟件做賬時最主要的工作。憑證錄入需使用兩方面的知識、經驗和技巧：一是會計方面，二是軟件和計算機的應用，兩方面缺一不可。
、憑證審核
憑證錄入完成后，需由另一人對憑證進行審核，以合理保證憑證錄入的正確性。如企業只有一名會計，則會計應自行審核。
三、結轉損益、結賬
、月末自動生成折舊憑證、匯兌損益憑證；
會計軟件能根據系統設定，自動計提折舊、結轉匯兌損益。需注意，系統自動計提設計的前提是正確建立并設置固定資產卡片；系統結轉匯兌損益的前提是每次錄入外幣業務時要選用正確的匯率，同時，需在系統結轉匯兌損益是對當月匯率進行修改。
、期末自動結轉損益
月末，系統自動將收入、成本（主營業務成本）、費用等損益類科目的余額結轉到“本年利潤”科目，收入、成本、費用等科目一般情況下無余額。需要注意，“生產成本”等科目不屬于損益類科目。
、過賬（記賬）和期末結賬
在手工賬中，會計錄入記賬憑證后，還需要跟進記賬憑證逐筆登記明細賬和總賬，這個過程叫做過賬（記賬）。在電腦賬中，會計錄入記賬憑證后，系統及自動過賬，當期的明細賬、總賬就有了，無需特別操作。
四、輸出會計報表以及對會計報表的補充、調整
、資產負債表、利潤表的生成
會計軟件能自動輸出資產負債表、利潤表。如果能合理保證憑證錄入的正確性，則資產負債表、利潤表是不會出錯的，無需人工調整。
、對會計報表的補充、調整
為更明細地反應財務狀況和經營成果，可以根據企業管理的需要，對會計報表進行補充和調整，比如，提供分部門的收入、成本、費用明細表，等等。
五、現金流量表的編制
、使用會計軟件編制現金流量表
現金流量表一般按年度編制，在一般情況下并不需要提供。現金流量表較復雜，如果要使用會計軟件輸出現金流量表，則需在日常憑證錄入中錄入現金流量表信息。現金流量表也可以根據資產負債表和利潤表分析填列，但準確度較低。
、利用資產負債表、利潤表分析合成現金流量表
為應付稅務檢查、投標審計等非常規性的要求，也可以使用資產負債表、利潤表分析合成現金流量表。
六、銀行對賬、編制銀行存款余額調節表
銀行對賬：出納員應定期核對銀行賬。未設出納員的企業，會計應根據企業銀行賬目數量及自身工作情況，自主安排核對銀行賬，建議每月對賬一次，最低限度要求每年對賬一次。對賬時應填制銀行存款余額調節表。對賬找出的錯誤應記錄下來并及時更正，未達賬項應跟蹤記賬。
銀行存款余額調節表：企業在銀行對賬單余額與企業賬面余額的基礎上，加上銀行已收、企業未收數額，減去銀行已付、企業未付數額，從而調整雙方余額使其一致。
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