按照現在稅務的政策，新注冊的有限公司所得稅征收方式為查賬征收，即按照企業利潤的10%~25%征收企業所得稅，而個人獨資企業按照現行稅法規定不交企業所得稅，而交個人所得稅(生產經營所得)。有企業所得稅的企業，企業所得稅征收方式不管是查賬征收還是核定征收，反映在企業賬面上利潤是根據企業財務報表上的未分配利潤征收20%的個人所得稅，這就是利潤分配，企業在變更股東、注銷或平時的利潤分配都會出現這個問題。個人獨資企業沒有利潤分配與這一項，即除了根據銷售額征收個人所得稅，沒有以上所述需在利潤分配時征收20%的個人所得稅。
注冊個人獨資企業(有限合伙企業)稅收方面的優勢
一、企業所得稅問題
按照現在稅務的政策，新注冊的有限公司所得稅征收方式為查賬征收，即按照企業利潤的10%~25%征收企業所得稅，而個人獨資企業(包括有限合伙企業)按照現行稅法規定不交企業所得稅，而交個人所得稅(生產經營所得)。
二、個人所得稅征收方式
個人所得稅征收方式有核定征收和查賬征收兩種，除少數幾種行業個人所得稅也需查賬征收(本文第四點)，其余的都可以申請核定征收，根據一個年度的銷售的大小以及不同的行業，征收率不同。
三、利潤分配的問題
有企業所得稅的企業，企業所得稅征收方式不管是查賬征收還是核定征收，反映在企業賬面上利潤是根據企業財務報表上的未分配利潤征收20%的個人所得稅，這就是利潤分配，企業在變更股東、注銷或平時的利潤分配都會出現這個問題。
個人獨資企業沒有利潤分配與這一項，即除了根據銷售額征收個人所得稅，沒有以上所述需在利潤分配時征收20%的個人所得稅。
四、不能申請核定征收的行業
根據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例、《國家稅務總局關于印發〈企業所得稅核定征收辦法〉(試行)的通知》(國稅發﹝2008﹞30號)和《國家稅務總局關于企業所得稅核定征收若干問題的通知》(國稅函﹝2009﹞ 377號)的相關規定，以下納稅人不能實行企業所得稅核定征收
(一)享受《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例和國務院規定的一項或幾項企業所得稅優惠政策的企業(不包括僅享受《中華人民共和國企業所得稅法》第二十六條規定免稅收入優惠政策的企業);
(二)匯總納稅企業;
(三)上市公司;
(四)銀行、信用社、小額貸款公司、保險公司、證券公司、期貨公司、信托投資公司、金融資產管理公司、融資租賃公司、擔保公司、財務公司、典當公司等金融企業;
(五)會計、審計、資產評估、稅務、房地產估價、土地估價、工程造價、律師、價格鑒證、公證機構、基層法律服務機構、專利代理、商標代理以及其他經濟鑒證類社會中介機構;
(六)國家稅務總局規定的其他企業。根據《國家稅務總局 關于企業所得稅核定征收有關問題的公告》(國家稅務總局公告2012年第27號)的規定，專門從事股權(股票)投資業務的企業，不得核定征收企業所得稅。
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