取得的財政票據類通行費發票不能抵扣增值稅。取得的票款不一致的增值稅專用發票不得作為增值稅抵扣憑證。對于匯總開具專用發票但是未提供《銷售貨物或者提供應稅勞務清單》的專票不得抵扣增值稅。取得的適用增值稅稅率錯誤的增值稅專用發票不得抵扣增值稅。取得稅率不正確增值稅專用發票并抵扣進項稅額，不屬于善意取得發票，即便是認證了也不得抵扣，需要補交稅款，并繳納相應的罰款與滯納金。取得不得抵扣但是卻抵扣了增值稅的專用發票應做進項稅額轉出。對于個人消費、集體福利、業務招待等即便是取得了增值稅專用發票，也不得抵扣增值稅。
風險點1：取得的財政票據類通行費發票不能抵扣增值稅
提醒：取得的通行費票據首先要看看蓋章是財政監制章還是稅務監制章，也就是說，財政票據類的通行費發票不能抵扣，稅務監制的發票才可以抵扣，同時公司車輛辦理ETC卡充值取得的發票也不能抵扣進項稅。
政策：根據《關于收費公路通行費增值稅抵扣有關問題的通知》（財稅[2016]86號）規定，自2016年8月1日起，增值稅一般納稅人支付的道路、橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票（不含財政票據，下同）上注明的收費金額按照下列公式計算可抵扣的進項稅額。
風險點2：取得的預付卡發票不得在企業企業所得稅前扣除
提醒：對于企業購買、充值預付卡,應在業務實際發生時按照規定稅前扣除，在購買或充值環節，只能取得稅率欄為“不征稅”的增值稅普通發票，預付卡應作為企業的資產進行管理，充值時發生的相關支出不得稅前扣除。
政策：根據總局公告2016年第53號第三條規定：
單用途卡發卡企業或者售卡企業（以下統稱“售卡方”）銷售單用途卡，或者接受單用途卡持卡人充值取得的預收資金，不繳納增值稅。售卡方可按照本公告第九條的規定，向購卡人、充值人開具增值稅普通發票，不得開具增值稅專用發票。
風險點3：企業取得的增值稅普通發票銷售方沒有填寫納稅人識別號或統一社會信用代碼的不得作為稅收憑證
提醒：個人消費者索取增值稅普通發票時，不需要向銷售方提供納稅人識別號、地址電話、開戶行及賬號信息。
政策：國家稅務總局公告2017年第16號第一條：
自2017年7月1日起，購買方為企業的，索取增值稅普通發票時，應向銷售方提供納稅人識別號或統一社會信用代碼；銷售方為其開具增值稅普通發票時，應在“購買方納稅人識別號”欄填寫購買方的納稅人識別號或統一社會信用代碼。不符合規定的發票，不得作為稅收憑證。
風險點4：取得的未按照商品稅收分類編碼開具發票以及未正確選擇對應稅收分類編碼開具的發票將被嚴查
提醒：下一步稅務機關將對納稅人的以下2種情況進行監控和追查：
1、 是否按照商品稅收分類編碼開具發票；
2、 是否正確、規范的選擇對應的稅收分類編碼開具發票。
政策：根據國家稅務總局《關于全面推開營業稅改征增值稅試點有關稅收征收管理事項的公告》（國家稅務總局公告2016年第23號）和《關于營改增試點若干征管問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第53號）文件要求,使用增值稅發票開票軟件的納稅人必須使用增值稅發票管理新系統選擇相應的商品和服務稅收分類與編碼開具增值稅發票。
風險點5：取得的應該在發票備注欄注明相關內容但是未按規定注明的屬于不合規發票
提醒：對于常見的建筑業發票、銷售不動產發票、出租不動產的發票以及貨物運輸服務等應特別關注一下備注欄是否注明了相關內容。
政策：國家稅務總局公告2016年第23號第四條 增值稅發票開具：
（四）銷售不動產，納稅人自行開具或者稅務機關代開增值稅發票時，應在發票“貨物或應稅勞務、服務名稱”欄填寫不動產名稱及房屋產權證書號碼（無房屋產權證書的可不填寫），“單位”欄填寫面積單位，備注欄注明不動產的詳細地址。
風險點6：取得的票款不一致的增值稅專用發票不得作為增值稅抵扣憑證
提醒：取得發票，應注意“三流一致”，切記不得從第三方取得虛開的發票。
政策：國稅發192號中規定：“購進貨物或應稅勞務支付貨款、勞務費用的對象。納稅人購進貨物或應稅勞務，支付運輸費用，所支付款項的對象，必須與開具抵扣憑證的銷貨單位、提供勞務的單位一致，才能夠申報抵扣進項稅額，否則不予抵扣。”
風險點7：對于匯總開具專用發票但是未提供《銷售貨物或者提供應稅勞務清單》的專票不得抵扣增值稅。
提醒：取得的若是沒有供應商開具銷售清單的開具“材料一批”、匯總運輸發票、辦公用品和勞動保護用品的發票，不可以抵扣進項稅金。
政策：國稅發156號第十二條規定：一般納稅人銷售貨物或者提供應稅勞務可匯總開具專用發票。匯總開具專用發票的，同時使用防偽稅控系統開具《銷售貨物或者提供應稅勞務清單》，并加蓋財務專用章或者發票專用章。
風險點8：取得的適用增值稅稅率錯誤的增值稅專用發票不得抵扣增值稅。
提醒：取得稅率不正確增值稅專用發票并抵扣進項稅額，不屬于善意取得發票，即便是認證了也不得抵扣，需要補交稅款，并繳納相應的罰款與滯納金。
政策：根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》（中華人民共和國國務院令第538號）第九條規定：“納稅人購進貨物或者應稅勞務，取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。”
風險點9：取得不得抵扣但是卻抵扣了增值稅的專用發票應做進項稅額轉出。
提醒：對于個人消費、集體福利、業務招待等即便是取得了增值稅專用發票，也不得抵扣增值稅。
政策：1.《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條明確，用于非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務，進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。福利費不能抵扣進項稅。
2.《財政部 國家稅務總局 關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅「2016」36號），增值稅一般納稅人購進服務、無形資產或者不動產，下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
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