以上處罰依據為，國稅發[2000]187號《國家稅務總局關于納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》。國家稅務總局《關于納稅人善意取得虛開增值稅專用發票已抵扣稅款加收滯納金問題的批復》明確以下意見，。納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票被依法追繳已抵扣稅款的，不屬于稅收征收管理法第三十二條納稅人未按照規定期限繳納稅款的情形，不適用該條稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金的規定。
山東省某市A納稅人2017年10月份接到稅務機關通知，其2013年取得的 B進出口公司開具的增值稅專用發票40余份，價稅合計350余萬元，被認定為虛開發票，要求其提供相關資料，接受檢查。
A納稅人經問詢得知，B進出口公司屬于 市國稅局2017年9月發布的增值稅專用發票虛開案件“海嘯1號”的涉案企業，其開出的發票屬于“已認定虛開的專用發票”。
A納稅人整理了與接受調查的發票相關的交易資料，查明此筆涉嫌虛開的交易系2013年，該納稅人委托 C貨代公司從海外采購某貨物的一次采購行為。
因A納稅人沒有進出口權，C貨代公司介紹了B進出口公司給A納稅人，A納稅人將貨款支付給B進出口公司，在C貨代公司的安排下，B將貨款支付至A的海外供貨商。后C貨代公司通過其他途徑從海外供貨商處取得該批貨物，并安排物流公司將貨物配送給A納稅人，同時授意B進出口公司開具專用發票給A納稅人。整個交易中，A納稅人并不知曉B進出口公司沒有實際參與進口貨物交易的真相。
接到稅務機關的通知后，A納稅人將與交易相關的商品物流證明、資金證明、交易合同等資料整理遞交給稅務機關，證明了自身并不知曉銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的。
稅務機關處理意見：
1、B進出口公司屬于 市國稅局2017年發布的增值稅專用發票虛開案件“海嘯1號”的涉案企業，其開出的發票屬于“已認定虛開的專用發票”，因此A納稅人接受的相關專用發票屬于“虛開的增值稅專用發票”，A納稅人按有關規定不予抵扣進項稅款，已經抵扣的進項稅款，應依法追繳；
2、根據A納稅人遞交的相關資料，沒有證據表明購貨方知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的，因此，對購貨方不以偷稅論處。
3、要求A納稅人補繳已抵扣的稅款50.85萬元并加收滯納金40余萬元。
以上處罰依據為：國稅發[2000]187號《國家稅務總局關于納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》。
A納稅人的申述意見：
1、根據稅務機關已經取得證據以及企業整理的與此交易相關的資料，對稅務機關將相關專用發票認定為“善意取得的虛開發票”沒有異議；
2、對稅務機關要求將相關涉案發票已經抵扣的進項稅額50.85萬元做進項稅額轉出，補繳稅金沒有異議；
3、稅務機關要求加收40余萬元滯納金的處理意見不予認可；
具體申述理由如下：
“國家稅務總局《關于納稅人善意取得虛開增值稅專用發票已抵扣稅款加收滯納金問題的批復》（國稅函〔2007〕1240號）明確以下意見：
納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票被依法追繳已抵扣稅款的，不屬于稅收征收管理法第三十二條“納稅人未按照規定期限繳納稅款”的情形，不適用該條“稅務機關除責令限期繳納外，從滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金”的規定?！?/p>
根據此規定，既然此筆涉案專用發票已被認定為“善意取得”，因此，稅務機關不應加收滯納金。
最終處理決定：
稅務機關采信納稅人的申述意見，要求A納稅人在規定時間內將涉案的專用發票已抵扣的進項稅額轉出，補繳增值稅50.84萬元。
附：稅案“海嘯1號”的背景：
2017年9月， 市稽查局風控中心發布稅案《海嘯1號》，公布1020戶 企業大量虛開專票，30750戶全國企業接受發票，涉案金額 420億，稅額 72億！其中廣東省內有11000戶。
同時，風控中心發布《 “海嘯1號”專案協查工作指引》，要求對相關企業進行嚴查。
目前，公布的只是第一批涉案企業，第二批涉案企業即將公布。
同月，廣東省開展了“颶風38號”行動，破獲虛開騙稅案件10余宗，抓獲犯罪嫌疑人80余名，初步統計涉案金額110余億元人民幣。
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