開具的必須是增值稅專用發票，財稅〔2012〕75號規定，小規模納稅人銷售農產品依照3%征收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委托稅務機關代開的普通發票——7月1日起不再作為抵扣憑證。是適用免征增值稅政策而開具的普通發票，不是所有的普通發票哦，如代開的有稅額的普通發票（開錯了，您懂得）不屬于抵扣憑證（農產品銷售發票）范圍，也就是說不能抵扣進項稅額。4.營業稅改征增值稅試點期間，納稅人購進用于生產銷售或委托受托加工17%稅率貨物的農產品維持原扣除力度不變，繼續按13%抵扣，加計扣除農產品進項稅額=當期生產領用農產品已按11%稅率抵扣稅額÷11%×（簡并稅率前的扣除率-11%），即，。
1.取得一般納稅人開具的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書的，以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額；
即：按票面注明的稅額抵扣進項
2.取得按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票，以增值稅專用發票上注明的金額和11%的扣除率計算進項稅額，如購買含稅10000元農產品，取得小規模納稅人取得增值稅專用發票，以不含稅的“金額”計算進項稅額：10000/（1+3%）×11%=1067.96元，
注意：
（1）購進的貨物必須是適用11%稅率的農產品，上道環節一般是小規模農產品流通或粗加工企業。
（2）開具的必須是增值稅專用發票，財稅〔2012〕75號規定，小規模納稅人銷售農產品依照3%征收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委托稅務機關代開的普通發票——7月1日起不再作為抵扣憑證。
（3）抵扣稅額不是按照票面稅額291.26（10000/（1+3%）×3%）。
（4）申報進項填在附表二第6欄，仍要辦理發票認證（勾選）手續。
3.取得（開具）農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上注明的農產品買價和11%的扣除率計算進項稅額。
如取得購買10000元農產品，開具收購發票，則以免稅的“金額”計算進項稅額，進項稅額=10000*11%=1100元。
注意：
（1）銷售發票不含：小規模納稅人銷售農產品依照3%征收率按簡易辦法計算繳納增值稅而自行開具或委托稅務機關代開的普通發票。
（2）銷售發票不含：批發、零售納稅人享受免稅政策后開具的普通發票。
（3）銷售發票含：自產農產品免稅的農產品銷售發票，含難以甄別銷售方是否自產的，應提供其向主管國稅機關辦理自產農產品享受免征增值稅政策的備案回執。
（4）銷售發票含：個人（自然人）農業生產者銷售自產農產品，由個人或者購買單位按規定去稅務機關代開的免征增值稅政策而開具的普通發票。
特別提醒：是適用免征增值稅政策而開具的普通發票，不是所有的普通發票哦，如代開的有稅額的普通發票（開錯了，您懂得）不屬于抵扣憑證（農產品銷售發票）范圍，也就是說不能抵扣進項稅額。
（5）銷售發票含：對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅，開具免稅的增值稅普通發票。
4.營業稅改征增值稅試點期間，納稅人購進用于生產銷售或委托受托加工17%稅率貨物的農產品維持原扣除力度不變，繼續按13%抵扣，加計扣除農產品進項稅額=當期生產領用農產品已按11%稅率（扣除率）抵扣稅額÷11%×（簡并稅率前的扣除率-11%），即：
購進時抵扣進項稅額=合計/金額*11%=1100
生產領用時抵扣進項稅額=合計/金額*2%=200
5.繼續推進農產品增值稅進項稅額核定扣除試點，納稅人購進農產品進項稅額已實行核定扣除的，仍按照財稅〔2012〕38號、財稅〔2013〕57號執行。
其中，《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》（財稅〔2012〕 38號印發）第四條第（二）項規定的扣除率調整為11%；第（三）項規定的扣除率調整為按本條第（一）項、第（二）項規定執行。
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